L’AFCRT a construit des partenariats avec les autres membres de l’écosystème de transfert de l’innovation permettant des échanges dynamiques et une collaboration entre les divers acteurs :

- Les échanges réguliers avec les services du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche, le SITTAR en particulier, permet de travailler ensemble sur l’impact des politiques d’innovation.
- AI Carnot pour la présence de nombreux CRT dans les Instituts Carnot
- ANRT (Association Nationale de Recherche Technologique), gérant notamment le dispositif CIFRE
- ACTIA, la tête de réseau des ITAI (Instituts Techniques Agro-Industriels), avec la présence de CRT et CDT agroalimentaires dans les 2 réseaux
- PFT Innovalo, l’association qui regroupe les plateformes technologiques labellisées par le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche
- Réseau SATT
- les Pôles Universitaires d’Innovation, par la présence des CRT CDT dans les partenaires des PUI en Région
- AFPC (tête de réseau des pôles de compétitivité)
- Incubateurs
- INPI
- Des partenariats à l’international avec Synchronex le réseau des CCTT au Québec, et SynHERA en Belgique co-signataires avec l’AFCRT de l’Alliance francophone pour l’innovation
- Tech Dev (pays africains francophones)